Qəhrəman Hüseyn oğlu Ağayev 1950-ci ilin avqust ayının 16-da Naxçıvan MR Kəngərli rayonunun Şahtaxtı kəndində doğulmuşdur.
1967-ci ildə Bakı Dövlət Universitetinin tarix fakultəsinə daxil olmuş, 1972-ci ildə isə həmin fakültəni müvəffəqiyyətlə bitirmişdir.
1975-ci ildən etibarən Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasında elmi fəaliyyətiə başlamışdır.
1975-1991-ci illər ərzində Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası, Naxçıvan Elm Mərkəzində elmi işçi işləmişdir.
1991-ci ildən etibarən isə AMEA Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutunda elmi fəaliyyətini davam etdirir.
1979-cu ildən etibarən müstəqil olaraq, Qafqazda və eləcədə Yaxın Şərqdə ən möhtəşəm, çoxtəbəqəli və ən qədim abidələrdən biri olan Şahtaxtı abidələrində arxeoloji tədqiqat işləri aparır.
“Şahtaxtı arxeoloji kompleksinin son tunc-ilk dəmir dövrünün tədqiqi” adlı dissertasiya işi müdafiə etmiş, tarix elmləri üzrə fəlsəfə doktoru adına layiq görülmüşdür.
“Şahtaxtı son tunc və erkən dəmir dövründə” monoqrafiyası rus dilində çapdan çıxmışdır. Bundan başqa, apardığı elmi işlərlə bağlı, 70-dən artıq elmi məqalələri Azərbaycanda və xaricdə çapdan çıxmışdır. 2007-ci ilin aprel ayında Quba şəhərində torpaq işləri görülərkən təsadüfən aşkar edilən, sonra isə, AMEA Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutunun apardığı geniş elmi tədqiqat işləri nəticəsində ermənilərin yerli dinc əhaliyə qarşı törətdiyi soyqırım məzarlığı olduğu müəyyən edilmiş və bu baxımdan tarixi və siyasi əhəmiyyəti olan Quba soyqırım məzarlığının tədqiq olunmasına rəhbərlik etmişdir.
Hal hazırda AMEA Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutunda aparıcı elmi işçi vəzifəsində çalışır.